Перші писемні згадки про Перечин зустрічаються в грамотах, описах володінь, податкових даних 1266, 1399, 1425 років.
Містечко було сформовано у період першої літописної згадки по Невицький замок 1317 року. Давній торговий шлях з Ужанської долини — пролягав через Перечин на Невицький замок.
Саме прашниця з Перечина давала знати дозорним Невицького замку про наближення ворожої кінноти здійнятою пилюкою — «перич» (спершу) сповіщало про небезпеку.
В історії Перечина відомий повстанець-куруц Волкай, загін якого брав участь у селянській війні в Угорщині 1514 року. У 1631—1632 роках очолив повстанців опришок Пастеляк, а загін опришків Івана Беци наводив жах на польську шляхту та угорських магнатів. Між іншим родини Пете, Волкаїв, Пастеляків, Довбеїв, Ганчаків і понині проживають у Перечині.
На межі XVI—XVII століть Перечин став одним із найбільших містечок Ужанщини.
У зв’язку з неврожайними роками, поширення холери та війною 1703—1711 роках, населення Перечина різко зменшилося — податкові списки зафіксували тільки шість селянських і чотири желярські господарства.
У 1819 році у Перечині проживали 104 сім’ї — всього 674 мешканці, в 1829 році 895 мешканців.
Наприкінці XVIII—XIX ст. Перечин втягується в ринкові відносини. Цьому сприяли недоторкані праліси та корисні копалини (мармур, каолін, вапняковий камінь, залізна руда). Значне місце займало виробництво поташу — мікрорайон Поташня. Швидко розвивається деревообробна промисловість. На тартаку виготовляли дошки, шпали, дранку, вікна, двері. У 1872 році відкрито початкову школу Перечина.
У 1872—1904 роках тривало будівництво залізничної колії Ужгород-Перечин-Великий Березний. Це стало стимулом до спорудження в Перечині в 1893 році акціонерного лісохімічного заводу «Бантлін» — налагоджено виробництво деревного вугілля, спирту, ацетону.
У березні 1939 року — після боїв часів Другої світової війни, в Перечині розстріляно вісім січовиків і просвітян у Ворочові-Яслище. В пам’ять полеглих тут встановлено Меморіальний хрест.
В 1947 році Перечин набув статусу селища і районного центру, а статус міста Перечин отримав із 2004 року.
